Số kiểm tra là số thứ 13 của EAN-13. Nó không phải là một số tùy ý mà phụ thuộc vào 12 số đứng trước đó và được tính theo quy tắc sau:

• Lấy tổng tất cả các số ở vị trí lẻ (1,3,5,7,9,11) được một số A.
• Lấy tổng tất cả các số ở vị trí chẵn (2,4,6,8,10,12). Tổng này nhân với 3 được một số (B).
• Lấy tổng của A và B được số A+B.
• Lấy phần dư trong phép chia của A+B cho 10, gọi là số x. Nếu số dư này bằng 0 thì số kiểm tra bằng 0, nếu nó khác 0 thì số kiểm tra là phần bù (10-x) của số dư đó.

Số kiểm tra được thêm vào cuối chuỗi số có 12 chữ số ban đầu tạo ra chuỗi số EAN-13 có 13 chữ số. Tuy nhiên, trong thực tế sản xuất mã vạch, số này đã được thêm vào cuối chuỗi, nhưng các phần mềm in ấn mã vạch nên có phần kiểm tra lại số này trước khi in, nhằm tránh các sai lầm do sai sót dữ liệu.